Makine savaşı ilerledikçe, YoRHa Komutanlığı ve Direniş, dünya yüzeyinde dolaşan silahlı robotlar olan “Makine Yaşam Formları”na karşı son bir kararlı saldırı için hazırlık yapar. Hazırlıklar sürerken, YoRHa 9-gou S-gata ‘9S’ ve YoRHa 2-gou B-gata “2B” ileri keşif görevlerine devam eder. Ancak 9S ve 2B, kendi rollerine, birbirlerine olan sadakatlerine veKarargah'a olan bağlılıklarına dair zorluklar yaşarlar.

Kötü niyetli Adem ve Havva yenilgiye uğratılmış olsa da, makineler henüz tamamen yok olmamış gibi görünüyor. “Kızıl Kız” adındaki uğursuz varlık, androidleri uzaktan gözlemlemeye devam eder ve onlara saldırmak için mükemmel fırsatı bekler..