Amuro Ray gibi savaş kahramanlarının fedakârlıkları sayesinde, Uzay Çağı’nın 105. yılı zorlukla kazanılmış ama kısa süren bir barış dönemiyle başlar. Dünya Federasyonu, Dünya ve uzay kolonileri üzerinde askerî baskısını sürdürmektedir. Char Aznable’ın isyanı başarısız olsa da, özgürlükçü idealleri yaşamaya devam eder.

Federasyon komutanının oğlu Hathaway Noa, hem Amuro’nun sadakatini hem de Char’ın isyancı ruhunu taşır. "Mafty Navue Erin" takma adıyla Federasyon'a karşı şiddetli direniş eylemleri yürütür.

Bir terör saldırısını engelledikten sonra kimliği, genç bir kadın olan Gigi Andalucia tarafından öğrenilir. Federasyon albayı Kenneth Sleg ile de dostluk kuran Hathaway’in çifte hayatı, Mafty ile Federasyon arasındaki çatışma şiddetlenirken çevresindekileri tehlikeye atar.